Pada tahun 2015, Organisasi Keamanan Chaldea mengumpulkan para ahli dari bidang sihir dan dunia nyata untuk memantau masa depan umat manusia terkait kemungkinan peristiwa kepunahan. Kelangsungan hidup umat manusia tampaknya terjamin untuk seratus tahun ke depan—hingga keputusan tiba-tiba berubah, dan kini kepunahan spesies menanti di akhir tahun 2016. Penyebabnya tidak diketahui, tetapi tampaknya terkait dengan kota Fuyuki di Jepang dan peristiwa tahun 2004 selama Perang Suci Grail Kelima.

Sebagai tanggapan, Chaldea memanfaatkan teknologi perjalanan waktu eksperimental, Rayshift. Dengan teknologi ini, Ritsuka Fujimaru, seorang pemuda yang baru direkrut ke organisasi, dan gadis misterius Mash Kyrielight, dapat kembali ke tahun 2004 dan menemukan cara menyelamatkan umat manusia. Perintah besar untuk melawan takdir telah diumumkan—perintah untuk mengubah masa lalu dan memulihkan masa depan.

[Ditulis oleh MAL Rewrite]

Catatan: Sinopsis diterjemahkan secara otomatis oleh Google Translate.